Markus Schäfer studierte Gesang und Kirchenmusik in Karlsruhe und Düsseldorf bei Armand McLane. Nach dem Besuch des Opernstudios am Opernhaus in Zürich gab er dort sein Debüt und erhielt sein erstes Engagement. Es folgten Stationen als Ensemblemitglied an der Hamburgischen Staatsoper sowie an der Deutschen Oper am Rhein Düsseldorf.
Gastspiele und Konzertreisen führten ihn an viele der bedeutendsten Philharmonien, Opernhäuser und Festivals. Der lyrische Tenor hat sich insbesonders in Opernpartien des Mozart-Fachs, als Evangelist in den Passionen Johann Sebastian Bachs sowie in den großen Oratorien des 19. Jahrhunderts einen hervorragenden Ruf erworben. Dabei arbeitete er u.a. mit Dirigenten wie Jos van Immerseel, René Jacobs, Sigiswald Kuijken, Frans Brüggen, Paul McCreesh, Philippe Herreweghe, Kent Nagano und Kirill Petrenko zusammen.
Als Liedinterpret feierte Markus Schäfer große Erfolge u.a. in New York (Lincoln Center), in Wien, bei den Schubertiaden Feldkirch und Schwarzenberg, Wigmore Hall in London und Heidelberger Frühling.
